《夕月之花》的故事发生在16 世纪欧洲。当时是个全世界都面临重大事件的年代，也是面临宗教改革、科学与宗教冲突不断的年代。作为游戏主题的事件，就是著名的魔女(女巫)猎杀行动。本作则是建立在真实历史背景的半架空世界，并由立场相对、信仰相异的人们共同演出的奇幻故事。

游戏女主角椿双手沾满鲜血倒坐在案发现场，由于死者的死法太奇特，椿作为魔女被审判抓入了专门拘禁魔女的监牢，并被宣判两天后执行火刑。但是她并没有案发当时的记忆，只有满手的鲜血与有人在眼前死亡这两个「事实」。为了了解事情的真相，无奈之下只好展开逃脱计画……与彼此对立的魔女和审判官共同交织出的爱情故事(？)。